La controversia por la utilización del Río Sena como escenario para las competencias ha sido polémica, pues los parisinos afirman que las aguas llevan poco más de un siglo contaminadas y pese a los esfuerzos del gobierno Francés por limpiarlo, al parecer no ha dado resultado.
Luego de las pruebas, varios deportistas han caído en el hospital para revisiones tras síntomas de mareos y vómito después de nadar en las aguas de Sena y ahora se confirmó que la atleta Claire Michel quedó hospitalizada por una infección de la bacteria E.coli tras haber nadado durante la prueba individual femenina.
La bacteria vive y se reproduce en aguas contaminadas, por lo que de comprobar que Claire la adquirió en el Sena, el comité tendría que analizar a todos los deportistas para evitar la propagación y pronto tratamiento.
El problema es que pese a los esfuerzos, se sabe que el río Sena tiene una mezcla de aguas pluviales y residuales que emanan de la capital francesa, por lo que no se sabe a ciencia cierta si la limpieza de sus aguas fue efectiva o no.